Wie alle anderen ist auch Lee stärker und größer geworden. Er ähnelt Guy mehr als früher, da er nun auch eine Weste trägt. In Shippūden kommt Lee erst beim Kampf gegen Kisame richtig zum Vorschein. Guy, Tenten, Neji und Lee versuchten Kisame zu besiegen, der in Wirklichkeit ein perfekter Doppelgänger des Echten war. Daher hat Team 9 große Probleme. Tenten, Neji und Lee wurden durch Kisame am Anfang in einer Art Wasserkugel gefangen halten, sodass Sensei Guy allein gegen Kisame kämpfen musste. Guy konnte aber noch durch das Hachimon Tonko Kisame mit einem starken Angriff besiegen. Neji hat es zuvor geschafft, sich, Tenten und Lee zu befreien. Am Ende jedoch mussten sie feststellen, dass sie gegen einen Doppelgänger von Kisame gekämpft hatten.
Lee gegen seinen Doppelgänger
Nun waren sie auf der Suche nach Akatsuki und gingen zum Versteck der Organisation. Dort fand man jedoch heraus, dass der Eingang zum Versteck durch vier Siegel geschützt ist. Sie mussten also alle der vier Siegel, die in der Umgebung versteckt waren, finden und im gleichen Moment entfernen. So trennte sich Team Guy und jeder war auf der Suche nach den Siegeln. Da Neji das Byakugan beherrscht, war es recht einfach, doch schwierig wurde es erst danach, als sie die Siegel entfernten. Perfekte Doppelgänger wurden von denjenigen erschaffen, die die Siegel entfernten. So musste Lee gegen sich selbst kämpfen, was für ihn sehr schwierig war. Letztendlich hatten alle es geschafft, ihre Doppelgänger zu besiegen. Sie machten sich nun mit Gaara auf den Weg nach Sunagakure. Von dort aus verabschiedeten sie sich von den Dorfbewohnern und ihrem Kazekage.