In Naruto Shippūden ist er viel größer geworden und sieht viel ernster und finsterer aus. Naruto fürchtet sich sogar, als er ihn nach langer Zeit wieder sieht. Er ist wie auch sein Vater nun ziemlich vermummt, trägt aber immernoch eine Sonnenbrille. Dieser Kleidungsstil scheint in seinem Clan wohl sehr verbreitet zu sein.
Seine erste Mission im zweiten Teil der Serie ist, die Akatsuki-Mitglieder zu finden und zu besiegen. So fanden Naruto, Sakura, Yamato, Hinata, Kiba und Shino Tobi, einen Neuling von Akatsuki und Deidaras Partner. Naruto griff Tobi mit seinem Rasengan an, doch musste er feststellen, dass sein Angriff durch Tobis Körper hindurch ging. Sakura meinte, es könnte ein Doppelgänger oder Ähnliches sein, doch da Hinata durch ihr Byakugan sehen konnte dass es der Echte war, sagte Kakashi, es müsste ein Ninja mit einer besonderen Fähigkeit sein. Kakashi meinte, Shinos Jutsu wären in diesem Moment ideal. Warum, weiß man nicht. Als Tobi bemerkte, dass Shino zum Aburame Clan gehört, beleidigt er den Clan, worauf Shino wütend wurde und Tobi mit seinen Insekten umhüllte. Er konnte eigentlich aus diesem "Insektengefängnis" nicht herauskommen, doch auf noch ungeklärte Weise befreite sich Tobi dennoch. Kakashi meinte, dass es vielleicht eine Art Teleport-Jutsu sein könnte, so wie es Minato Namikaze tat, bloß noch viel schnelle