In Naruto Shippūden erscheint Zetsu das zweite Mal, als er Team Guy ausspioniert, das sich mit Team Kakashi und Chiyo treffen wollte, um nach Gaara zu suchen.
Nach Sasoris Tod taucht er mit Tobi bei der zerstörten Höhle von Akatsuki auf. Tobi findet dort Sasoris Ring und fragt Zetsu, ob er nun ein Mitglied der Organisation werden könne. Er verliert den Ring aber sofort wieder, womit sich die Frage für Zetsu erstmal erledigt hat. Danach machen sich die beiden auf die Suche nach Deidara, den sie auch finden. Später trifft sich Zetsu mit Kakuzu und Hidan, um die schwer verletzte Yugito zur Basis zu bringen.
Man sieht ihn außerdem im Kampf Sasuke vs Itachi, in dem er meinte, ein Meister mit einem Stein besiegt den Anfänger mit dem Kunai, wobei er wohl auf das Mangekyō Sharingan Itachis und das normale dreifache Sharingan Sasukes anspielte.
Später nimmt Zetsu eine größere Rolle im Geschehen ein und taucht dementsprechend öfter auf, meist an der Seite von Madara, welcher großes Vertrauen zu ihm zu haben scheint. Wie auch alle wichtigen Kämpfen für die Organisation, sah Zetsu auch bei dem Kampf Narutos gegen Pain zu und berichtete Tobi davon, welcher beeindruckt scheint, dass jemand Nagato überzeugen konnte, Akatsuki zu verraten. Danach hält er zusammen mit Tobi Team Taka auf, welches auf dem Weg nach Konoha ist und Sasuke berichtet, dass Konoha bereits zerstört worden ist und dass der von Sasuke verhasste Danzō der neue Hokage ist, weshalb Sasuke, geführt von Zetsus weißer Hälfte, ins Land des Eisens aufbricht, um ihn und die anderen Kage umzubringen. Zetsus schwarze Hälfte bespricht währenddessen die Operation: Mondauge mit Madara. Dieser offenbart auch, dass er Sasuke in einer gewissen Weise für das Gedou Rinne Tensei no Jutsu braucht und er ihn unbedingt kontrollieren muss. Die weiße Hälfte taucht später auf einmal in Mitten der Kage auf und lenkt ihre Aufmerksamkeit auf sich, indem er verrät, dass Sasuke im Land des Eisens ist, mit dem Ziel, sie umzubringen. A packt Zetsu, bevor er reagieren kann und will nähere Informationen, als er diese nicht bekommt, bricht er der weissen Hälfte kurzerhand das Genick, wodurch diese scheinbar stirbt. Später jedoch zeigt sich, dass er unbeschadet entkommen konnte und stattdessen sein Hōshi no Jutsu vorbereitet hat, womit er Sasuke, welcher von Mei Terumii beinahe getötet worden ist, das Leben rettet und bezeichnet die Kage als Horde von Deppen. Trotzdem werden die Kage mit Hilfe des nun eingreifenden Oonokis gerettet und alle von den Sporen befreit.
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Thema: Achtung Spoiler !Was macht er in Shippuuden. 
Sa Jan 30, 2010 8:48 pm