Sasuke ist, wie die meisten Mitglieder des Uchiha-Clans, ein Spezialist im Umgang mit Katon-Jutsu. So meistert er bereits im frühen Alter das Katon: Gōkakyū no Jutsu. Nach der zweiten Runde der Chūnin-Auswahlprüfung nimmt Kakashi Sasuke mit und bringt ihm das Chidori, also auch das Raiton-Element bei. Über die Jahre entwickelt Sasuke einige neue Arten und Variationen des Chidori, z.B Chidori Nagashi oder Chidori Senbon.
Auch durch sein Sharingan, welches drei Tomoe im Kampf gegen Naruto erreicht hat, ist Sasuke sehr stark, da er die Bewegungen des Gegners vorausahnen und sie allenfalls kopieren kann.
Als er Itachi besiegt, wendet dieser als letztes Jutsu Tensha Fūin: Amaterasu an. Somit verfügt Sasukes linkes Auge über Itachis Mangekyō Sharingan. Dieses wandelt sich dann später in Sasukes eigenes Mangekyō Sharingan um.
Eine weitere besondere Kraft ist das Himmels-Jūin, welches er einst von Orochimaru erhalten hat.
Bei seinem Training bei Orochimaru lernt er neben einigen Jutsu, welche mit Schlangen zu tun haben, auch noch eine bessere Anwendung und Kontrolle über das Jūin. Und kann seither mühelos in die zweite Stufe wechseln.
Bei seinem Kampf gegen Itachi verbraucht Sasuke zu viel Chakra, weswegen er die Kraft des Jūin nicht mehr unterdrücken kann. So erscheint Orochimaru in der Gestalt einer achtköpfigen Schlange, auch bekannt als Yaki no Jutsu. Itachi besiegt ihn jedoch mit Susanoo, woraufhin das Jūin aus Sasukes Körper verschwindet.