Er hatte den Auftrag, gegen Gaara, den neuen Kazekage, zu kämpfen und ihm sein Bijū zu entnehmen, da diese Kraft für die Organisation sehr wichtig ist. Der Grund dafür ist, dass der Anführer von AkatsukiPain eine besondere Technik entwickelte, um die Energie und die Kraft eines Bijū zu absorbieren. Im Kampf gegen Gaara zeigte er die Fähigkeiten, welche er mit Lehm entfaltete.
Durch Deidaras geschickte Fernkampfstrategie konnte Gaara besiegt werden. Doch auch er blieb nicht ohne Schaden. Gaara hatte Deidara mit dem Sand seinen linken Arm abgerissen. Als er Gaara mit seinem Partner Sasori endlich entführt hatte, kamen sie zum Versteck der Akatsuki-Mitglieder. Dort wurde Gaaras Bijū entfernt und er starb an den Folgen.
Seinen rechten Arm verlor Deidara im Kampf mit Kakashi, der sein Mangekyō Sharingan einsetzte und Deidaras Arm durch das schwarze Loch einsaugte. Als er dann armlos war, konnte er sich nicht wehren und musste sich deshalb verstecken. Er wurde von Team Guy gestellt und täuschte eine Selbstzerstörung vor. Die dadurch entstehende Explosion sog Kakashi mit seinem Mangekyō Sharingan ein. Als Kakashi und die anderen Ninja verschwunden waren, kletterte er aus einem Erdloch heraus, da er sich während der Explosion im Boden versteckt hatte. Danach machte er sich auf die Suche nach seinem rechtem Arm, da Kakashi nur seinen Ellenbogen in eine andere Dimension gesaugt hatte. Zetsu und Tobi fanden seinen Arm und schließlich stieß Deidara zu ihnen und beschwerte sich, dass sie gefälligst ihre Finger von seinem Arm lassen sollten. Später näht Kakuzu seine beiden Arme wieder an.