Nachdem der Dritte Hokage von Orochimaru während der Chūnin-Prüfung getötet wurde, schlug man Jiraiya als nächsten Hokage vor, der aber ablehnt. Seiner Meinung nach ist Tsunade besser dafür geeignet und zieht gemeinsam mit Naruto los, um sie zu suchen. Während die beiden auf der Suche sind, bittet Orochimaru Tsunade seine Arme zu heilen, die der Dritte Hokage gebannt hatte. Als Gegenleistung bietet er ihr an ihren verstorbenen Verlobten Dan und ihren Bruder Nawaki wiederzubeleben. Er gibt ihr eine Woche Bedenkzeit und verschwindet. Dann finden Jiraiya und Naruto Tsunade und sagen ihr, dass sie zum Hokage vorgeschlagen wurde, was sie jedoch zuerst ablehnt. Später, nach eienm kleinen Kampf zwischen ihr und Naruto, macht sie jedoch den Vorschlag Hokage zu werden falls es Naruto schafft innerhalb von drei Tage das Rasengan zu erlernen.
Am Abend bevor sie sich erneut mit Orochimaru trifft, schüttet sie ein Pulver in seinen Sake, das ihn müde macht und seinen Chakrafluss stört, damit er ihr am nächsten Tag nicht folgen kann. Am nächsten Tag kommt Orochimaru zum vereinbarten Treffpunkt zurück und fragt erneut, ob Tsunade ihn heilen würde. Als sie sich jedoch weigert, kommt es zum Kampf zwischen ihnen. Jiraya, der inzwischen wieder aufgewacht ist, Shizune und Naruto kommen später hinzu un unterstützen Tsunade, die zu diesem Zeitpunkt durch Kabuto stark verletzt wurde.