Durch Nagato wird Naruto zum ersten Mal mit der krassen Realität des Shinobidaseins konfrontiert. Durch Nagato wird Naruto bewusst, dass die Welt der Shinobi, in der er so gerne lebt, stark von Hass beherrscht wird und er den Tod von Freunden und geliebten Menschen mitansehen werden muss. An diesem Punkt der Handlung erweitert sich Narutos Horizont erstmals vom Wohl seiner Freunde auf das Wohl aller Menschen in der Welt der Shinobi.
Naruto im Gespräch mit Nagato
Naruto trifft zunächst auf Pain, der zuvor ganz Konohagakure zerstört hat. Während des Kampfs kommt es zu einem kurzen Gespräch zwischen Nagato, der durch Pain spricht, und Naruto. Dabei macht Nagato Naruto bewusst, dass Ninja stets für ihre eigenen Interessen kämpfen ohne dabei die Interessen anderer zu beachten. Somit entwickelt sich eine Spirale der Gewalt die dazu führt, dass die Welt der Ninja von Hass regiert wird.
Naruto findet sich allerdings nicht mit den Ideen Nagatos ab, den Menschen Frieden zu bringen, indem man ihnen extrem schlimme geistige und körperliche Schmerzen zufügt und sie somit quasi gegen Krieg und Hass impft. Nachdem er den letzten Körper Pains getötet hat, begibt er sich direkt zu Nagato und sucht das Gespräch, um Nagatos Beweggründe zu verstehen. Während des Gesprächs stellt sich heraus, dass Naruto und Nagato sehr viele Ähnlichkeiten miteinander haben. So war Nagato früher selbst davon überzeugt gewesen, dass es möglich ist, den Menschen Frieden zu bringen ohne dabei auf eine gewaltsame Umsetzung zu setzen.Während des Gesprächs stellt sich außerdem heraus, dass beide stark von der Einstellung ihres gemeinsamen Senseis Jiraiya beeinflusst worden sind.
Narutos unglaubliche Gabe im Umgang mit Menschen zeigt sich hier wieder. So schafft er es, durch seine Art für seine Überzeugungen und Einstellungen einzustehen, Nagato zur Vernunft zu bringen. Dieser sieht durch das Gespräch mit Naruto eine größere Chance auf Frieden darin, sein Vertrauen in Naruto statt Akatsuki zu setzen, weshalb er sein eigenes Leben für das der im Kampf getöteten Bürger Konohas opfert.