Nach seiner Rückkehr bildet Naruto erneut mit Sakura und Kakashi ein Team. Ihre erste Mission, den von Akatsuki entführten Gaara zu retten, kann das Team erfolgreich beenden.[13] Naruto begibt sich nun erneut auf die Suche, um Sasuke zu retten. Als neue Teammitglieder kommen Sai und Yamato als Ersatz für Kakashi hinzu. Allerdings ist Sasuke Naruto und dem restlichen Team stark überlegen, weshalb die Rettungsmission scheitert und das Team alleine nach Konoha zurückkehrt.[14] In einem Kampf gegen Orochimaru verliert Naruto die Kontrolle über den Kyūbi, wobei er in seiner Fuchsgewandform Sakura verletzt.
Nach einem erfolgreichen Kampf gegen Kakuzu, in dem er erstmals sein Fūton: Rasen Shuriken einsetzt,unternimmt Naruto unterstützt von seinen Freunden einen weiteren Versuch, Sasuke zu retten, der Orochimaru getötet hat und nun auf der Suche nach seinem Bruder Itachi ist.Allerdings scheitert auch diese Suche, da Sasuke bemüht ist, keine Spuren auf seinem Weg zu hinterlassen und das Team daher zu spät am Platz des Kampfes zwischen Sasuke und seinem Bruder ankommt. Sasuke ist inzwischen von Tobi in dessen Versteck gebracht worden.
Naruto begibt sich nach dem Tod Jiraiyas abermals auf eine Trainingsreise. Er folgt Fukasaku nach Myōbokuzan, wo er in Senjutsu unterrichtet wird.Er bricht das Training allerdings abrupt ab, als er nach Konoha gerufen wird, wo Pain bereits das komplette Dorf zerstört hat.In einem harten Kampf stellt Naruto sein enormes Talent und seine Stärke unter Beweis, indem er den extrem starken Pain besiegt.Während des Kampfes verliert Naruto die Kontrolle über den Kyūbi, da Pain zuvor Hinata scheinbar hingerichtet hat und Narutos ganze Weltanschauung in Frage stellt.Kurz bevor er das Siegel jedoch lösen kann, hindert ihn sein Vater daran, der ein Teil seines Chakra in das Siegel integriert hatte. Somit erfährt Naruto, dass der vierte Hokage sein Vater ist.Nachdem Naruto die sechs Körper Pains besiegt hat, sucht er Nagato direkt auf. Naruto schafft es, Nagato zur Vernunft zu bringen, wodurch sich Nagato an seine eigenen Ideale als junger Ninja erinnert. Als Zeichen seines Vertrauens in Naruto und als kleines Zeichen der Reue, belebt Nagato alle beim Angriff getöteten Einwohner Konohas wieder und verliert dabei sein eigenes Leben.