Tobi befiehlt Kisame sich um Killer B zu kümmern, während er selbst Sasuke, der auf dem Weg nach Konoha ist, befiehlt Tobi ihm, anzuhalten. Sasuke meint nun, dass Team Taka nun nichts mehr mit Akatsuki zu tun haben will und er Tobis Hilfe nicht mehr braucht. Sasuke will sich seinen Weg mit dem Chidori freikämpfen, doch, wie erwartet, geht der Angriff einfach durch Tobi hindurch, was sich niemand erkären kann. Danach erzählt er Sasuke von dem Treffen der Kage. Als Team Taka nun doch zum Treffen gehen will, weil Danzō sein neues Ziel ist, schickt Tobi die weiße Seite Zetsus mit und bespricht mit der schwarzen seine weiteren Pläne und meint, es wäre an der Zeit, aus dem Schatten zu treten und anzufangen.
Unerwartet erscheint Tobi später direkt vor Naruto, der gerade in Gedanken an Sasuke versunken ist und will mit ihm reden. Dieser greift sofort mit einem Rasengan an, kann aber nichts ausrichten. Plötzlich erscheinen Kakashi und Yamato und können Tobi mit dem Mokuton einfangen. Tobi sagt bloss, daß kein Angriff ihm Schaden zufügen kann und beginnt zu erzählen: Die Saga um die Söhne des Rikudō Sennin, die Wahrheit über Itachi und, dass es Sasukes und Narutos Schicksal ist, als Feuer und Hass gegeneinander zu kämpfen. Als man ihn fragt, wofür er die Bijū braucht, sagt Tobi bloß, dass er mit ihnen komplett werden will. Danach verschwindet er ohne Weiteres.
Nachdem sich Sasuke einen Kampf mit den Kage geliefert hat, erscheint Tobi, absorbiert Sasuke und Karin, damit diese ihn heilt und erzählt diesen von seinem Plan, der "Operation: Mondauge". Schließlich fordert er, dass die verbliebenen Jinchūriki ausgehändigt werden, ruft, als die Kage auf die Forderung nicht eingehen, den Vierten Ninjaweltkrieg aus und verschwindet dann mit den Worten, dass ihre nächste Begegnung auf dem Kriegsfeld stattfinden wird.
Auf dem Rückweg Danzōs nach Konoha taucht Tobi vor dem Hokage, Fū und Torune auf und verwickelt diese in einen Kampf.