Sie hat Nagato halb verhungert vorgefunden und ihm etwas von ihrem Brot gegeben. Daraufhin hat sie ihn mit zu Yahiko genommen, der sich nur beschwerte, dass sie jetzt auch noch einen Hund durchfüttern müssten. Als sie, Nagato und Yahiko im Krieg ihre Eltern verlieren, suchen sie Hilfe bei den drei Sannin. Konan wird gemeinsam mit Yahiko und Nagato drei Jahre lang von Jiraiya ausgebildet. Ihre Eltern starben im Krieg, andere Verwandte sind nicht bekannt. Jiraiya ist jedoch der einzige der ihnen etwas zu essen gibt, worauf Konan ihm eine Origami-Blume aus dem Kekspapier schenkt. Jiraiya beschließt daraufhin, die drei zu trainieren. Als sie es einst schaffen einen Doppelgänger Jiraiyas auszuschalten, ist dieser der Meinung sie seien gut herangewachsen und lässt sie gehen. Obwohl sie sich bereits vor langer Zeit von Jiraiya abgewandt haben, nennen sie ihn selbst heute noch Sensei.
Sie wird, wie Nagato, ein Mitglied von Yahikos "Rebellengruppe". Sie wird entführt, nachdem Yahiko eingewilligt hat, mit Hanzō einen Friedensvertrag abzuschließen. Als Nagato und Yahiko sie finden, wird sie als Geisel gefangen gehalten und als Drohmittel gegen Nagato benutzt; Hanzō würde sie umbringen, wenn er nicht Yahiko töten würde. Selbstlos bat sie Nagato, dies nicht zu tun aber Yahiko packte Nagatos Hand mit dem Kunai und rammte ihn sich rein.