Um als Mitglied bei Akatsuki aufgenommen werden zu können, muss er, ähnlich wie Itachi Uchiha, zuerst eine bestimmte Aufnahmeprüfung bestehen. Er erwähnt zwar, dass es sich hierbei um eine relativ anstrengende Aufgabe gehandelt hat, weitere Details werden allerdings vorenthalten. Es wird lediglich angemerkt, dass er gezwungen war, seinen richtigen Körper einzusetzen und dass diese Mission mehrere Jahre vor dem aktuellen Handlungsstrang gewesen sein muss.[8] Ferner muss dies auch das letzte Mal gewesen sein, dass er in seiner "wahren" Gestalt in Erscheinung getreten ist, denn bis zum Kampf gegen Chiyo und Sakura bewegt er sich nur noch innerhalb von Hiruko fort.
Sein erster Partner bei Akatsuki ist Orochimaru,[9] ein Nukenin aus Konohagakure. Es scheint, dass diese Beiden relativ viele Gemeinsamkeiten vorweisen können. Beide hatten ihr Dorf mit zweifelhaften Absichten verlassen. Beide haben ihren Kage getötet oder hatten es zumindest noch vor und Beide suchen die Unsterblichkeit. Welche Missionen sie zusammen ausführen, ist zwar unbekannt, aber Sasori bestätigt, dass sie zusammen viele Dinge getan haben. Also Chiyo Sasori allerdings vorwirft, am Tod dreier verschiedener Kazekage schuld zu sein, entgegnet er lediglich, dass er am Tod des Vierten Kazekage keine Schuld tragen würde, da zwischen ihm und Orochimaru kein Kontakt mehr bestünde. Als Orochimaru die Organisation verlässt, unterzieht Sasori seinen Untergebenen Kabuto einer Gehirnwäsche und setzt ihn als Spion bei seinem ehemaligen Gefährten ein.
Sasoris neuer Partner wird der damals noch minderjährige Terrorist Deidara. Bei ihrer ersten Begegnung scheint sich der Puppenmeister nicht sonderlich darüber zu freuen, dass es sich bei seinem neuen Partner um jemand so junges handeln soll, wie das folgende Zitat beweist:
„Warum wird mir dieses Kind angehängt? Er hat zwar Mumm, aber er wird definitiv bei uns sterben“ - Über Deidara, Kapitel 359