Im Gegensatz zu Sasuke war Naruto für sie zu Beginn nur ein talentloser Trottel. Ein Idiot, dessen Bestimmung es war, ihr auf die Nerven zu gehen. Wenngleich sie ihn auch heute noch von Zeit zu Zeit mit "Idiot" beschimpft, hat sie mittlerweile viele ihrer damaligen Vorurteile abgelegt. Nach jeder Mission, in der Naruto beweist, dass er eine Vielzahl komplizierter Jutsu beherrscht, verdient er sich ihren Respekt und spornt sie gleichzeitig noch dazu an, selbst immer besser zu werden. Als Sasuke das Dorf verlässt, ist Naruto für sie der Einzige, der in der Lage wäre, Sasuke zurück zu bringen. Naruto sagt ihr, dass er alles tun wird und gibt ein "Versprechen auf Lebenszeit". Nachdem es ihm nicht gelingt und er ins Krankenhaus muss, ist es Sakura, die um ihn weint. Auch löst sie sein Versprechen auf und sagt, dass sie beim nächsten Versuch zusammen Sasuke zurückholen werden.
In Naruto Shippūden erfährt sie vieles über Narutos Geschichte und früheres Leben. So zum Beispiel, dass Naruto der Behälter des Kyūbi ist und er aus diesem Grund auch von Akatsuki verfolgt und gefangen genommen werden soll. Sie weiß, dass wenn es Akatsuki gelingen sollte ihn zu erwischen, er während dem Entfernen des Fuchses aus seinem Körper, sterben würde. Diese Offenbarungen sind der Grund, weshalb Sakura um Narutos Schicksal trauert und sogar zum weinen bringt. Auch sorgt sie sich um die Gefahren, die ihn noch erwarten werden. Um mit ihm gemeinsam, diese Probleme zu überwinden, hat sich bei ihr im Laufe der Zeit ein starker Beschützerinstinkt entwickelt. Als sie bemerkte, dass ihre Heilfähigkeiten nicht ausreichen würden um Narutos Probleme mit dem Kyūbi zu lösen, versucht sie andere Techniken zu erlernen, damit sie Naruto eine größere Hilfe sein könnte. Yamato, der Sakuras Hingabe für Naruto bemerkte, wollte mit Sakura über ihre Gefühle sprechen, wurde allerdings durch das Aufwachen Narutos davon abgehalten auf irgendetwas näher einzugehen. Kakashi bezeugte ebenfalls, dass sie viel besser mit Naruto zurechtkommen würde, als es früher der Fall gewesen wäre. Sai bemerkte, dass bei ihnen eine starke Verbindung bestehen würde und dass sie manchmal sogar richtig zärtlich zu Naruto sein könnte. Den Schlussstrich allerdings zieht sie bei seiner wachsenden Perversion. Zum Beispiel wird sie richtig wütend und erteilt Naruto eine Lektion, in Form von Prügel, wenn er sein Hāremu no Jutsu einsetzt. Desweiteren gleicht die Kindheit der beiden sehr der von Tsunade und Jiraiya, da diese auch öfters in Streitigkeiten geraten.
Nach dem Kampf gegen Pain offenbart Sai Sakura, dass Naruto sie liebt. In Tetsu no Kuni gesteht Sakura Naruto, dass auch sie ihn liebt, denn sie kann nicht in jemanden verliebt sein, der immer wieder schlechte Dinge begeht, so wie Sasuke. Jedoch erwidert Naruto, dass er sie nicht ernst nimmt und sie sich selbst belügt. Solche Leute würde er hassen. Daraufhin wird Sakura wütend und meint, dass man ein Geständnis eines Mädchens nicht so halbherzig hinnehmen sollte und geht, zusammen mit Sai, Kiba und Rock Lee, auf die Suche nach Sasuke, um mit ihm etwas zu klären.