Zu Beginn seines Shinobidaseins setzt Naruto das Chakra des Kyūbi oft ein, wenn er wütend wird.[43] Der Grund dafür ist meist, dass seine Freunde bedroht werden oder er sich selbst in Lebensgefahr befindet. Teilweise verwendet er das Chakra des Kyūbi allerdings auch bewusst, allerdings ebenfalls nur, um seine Freunde zu beschützen.
So bildet sich in immer prekärer werdenden Situationen eine zunehmende Anzahl Schweife aus. In seinem Kampf gegen Orochimaru an der Brücke von Himmel und Erde kommt es schließlich zu einem Schlüsselerlebnis für Naruto. Es bildet sich ein vierter Schwanz des Fuchsgewandes aus, wodurch Naruto die Kontrolle über sich komplett verliert.
Naruto hat das Siegel fast komplett zerstört
Yamato kann das Chakra des Kyūbi zwar unterdrücken, allerdings verletzt Naruto kurz zuvor noch Sakura, die sich nur sehr schwer von den negativen Eigenschaften des Kyūbi-Chakras erholt.Naruto erkennt dadurch erst wirklich, dass der Kyūbi ein durch und durch bösartiges Wesen ist und beschließt daraufhin auf Dringen Yamatos, das Chakra des Kyūbi nicht mehr zum Schutze seiner Freunde einzusetzen.In einem Filler schafft Naruto es erstmals, den Kyūbi auch bei ausgebildetem viertem Schwanz komplett eigenständig zu unterdrücken.
Im Kampf gegen Pain kommt es allerdings erneut zu einer Situation, in der Naruto durch seine Wut den Chakrafluss nicht mehr unter Kontrolle hat. Er bildet immer mehr Schweife aus und ist zum Schluss so verzweifelt, dass er kurz davor ist, das Siegel zu entfernen und dem Kyūbi die komplette Kontrolle über seinen Körper zu geben. In diesem Moment wird das Chakra Minatos aktiviert.Dieser erneuert das Siegel und erklärt Naruto, dass er auf keinen Fall das Siegel lösen darf.