Naruto wird daraufhin Team 7 zusammen mit Sasuke Uchiha und Sakura Haruno unter Leitung von Kakashi Hatake zugeteilt. Bei ihrer ersten Mission kommt es zum Kampf gegen Zabuza Momochi. Naruto ist über dessen Kaltherzigkeit so sehr betroffen, dass er sich schwört, niemals ein Shinobi wie Zabuza zu werden. Seine Art, ein Shinobi zu sein, ist es für seine Freunde und zum Schutze seines Dorfes zu kämpfen.
Naruto kämpft gegen seinen besten Freund
Durch ihr erfolgreiches Abschneiden bei den ausgeführten Missionen werden alle drei zu den Chūnin-Auswahlprüfungen zugelassen.[6] Allerdings kann Naruto es, trotz seines gewonnen Kampfes im Finale gegen Neji Hyūga, nicht schaffen, befördert zu werden. Kurz vor dem Finale lernt Naruto
seinen Patenonkel und späteren Sensei
Jiraiya kennen, der mit ihm für das Finale trainiert.Während des Angriffs durch Sunagakure und Otogakure kämpft Naruto gegen Gaara, der ebenfalls ein Jinchūriki ist. Er schafft es, diesem zu zeigen, dass Freunde dem Leben einen Sinn geben.
Nach dem Wiederaufbau Konohas begibt sich Naruto zusammen mit Jiraiya auf die Suche nach Tsunade, da diese der fünfte Hokage werden soll. Durch seinen Willen für seine Überzeugungen zu kämpfen kann Naruto Tsunade so sehr beeindrucken, dass sie sich bereit erklärt, den Posten des Hokage anzunehmen.Während dieser Zeit lernt Naruto das Rasengan und erhält von Tsunade deren Halskette.
Während der Mission, Sasuke zu retten, der zu Orochimaru aufgebrochen ist um stärker zu werden, kommt es zum Kampf zwischen Naruto und seinem besten Freund, den Naruto jedoch verliert.Um für sein Ziel, seinen Freund zu retten, stärker zu werden, begibt er sich daher mit Jiraiya auf eine zweieinhalbjährige Trainingsreise.