Nach dem Kampf gegen Jiraiya macht sich Pain zusammen mit Konan auf den Weg nach Konoha, um dort den Jinchūriki des Kyūbi, Naruto, zu fangen. Seine einzelnen Körper versuchen dabei in Einzelkämpfen herauszufinden, wo sich Naruto aufhält. Er trifft dabei auch auf Kakashi, der versucht ihn bis zum Eintreffen von Verstärkung aufzuhalten und damit Iruka das Leben rettet.
Nagatos letzte Momente
Nachdem Kakashi mit seinem Raiton: Kage Bunshin den Körper Dämon treffen kann, wird dieser von Chōza Akimichi schwer getroffen, kann später aber einen tötlichen Chidori-Schlag gegen den Körper Gott abfangen, indem er sich dazwischen wirft. Allerdings scheint ihn auch dieser Schlag nicht endgültig zu töten. Chōza wird kurz danach schwer von Pain getroffen, der eingeklemmte Kakashi schafft es nur mit letzter Kraft mithilfe seines Mangekyō Sharingan ein tödliches Geschoss abzuwehren, das für Chōji bestimmt ist.
Erst durch das Eindringen in Shizunes Geist findet Pain schließlich heraus, dass sich Naruto in Myōbokuzan aufhält um dort zu trainieren. Danach zerstörte er ganz Konoha mit einer größeren Form des Shinra Tensei. Naruto, welcher kurz nach der Zerstörung von Shima nach Konoha beschworen wird, beginnt, gegen Pain zu kämpfen und schafft es, mehrere Körper außer Gefecht zu setzen oder sogar zu töten, sodass nun nur noch der Gott-Körper kampffähig ist. Dieser schafft es, mit einem schwarzen Stab Narutos Hände zu durchbohren, sodass dieser quasi an den Boden gepinnt ist. Nun erzählt Pain Naruto, wieso er all den Schmerz verursachen will. Naruto schafft es allerdings, Pain zu besiegen. Er findet anschließend Nagato und Konan in deren Versteck.
Nachdem Naruto und er eine Lösung für das endlose Leid gefunden haben, wendete er das Gedō Rinne Tensei no Jutsu an. Ein Jutsu das sehr viel Chakra kostet, zu viel für Nagatos verbleibendes. Er stirbt, in der Hoffnung, dass Naruto endlich Frieden in seiner Welt bringen kann. Konan betonte, wie außergewöhnlich es sei, dass ein Kind Nagato so umstimmen konnte. Sie nahm den Leichnam von Nagato und Yahiko mit sich.