Orochimaru wurde im Dorf Konohagakure geboren und war schon in frühster Kindheit für sein ungeheures Geschick in den Künsten der Ninja bekannt. Der dritte Hokage, auch als Professor der Jutsus aus Konoha bekannt, war der Lehrmeister Orochimarus und somit für das Wohl des Jungen verantwortlich. Der dritte Hokage, dessen echter Name Sarutobi war und der ebenfalls auch noch zwei weitere Schüler hatte, entwickelte für Orochimaru scheinbar die stärksten Gefühle und sah diesen schon als sowas wie seinen Sohn an. Die anderen beiden Schüler Sarutobis waren Jiraiya, später auch als perverser Eremit bekannt, und Tsunade, die Prinzessin und zukünftige fünfte Hokage. Sowohl Jiraiya, als auch Tsunade waren in der Kindheit Orochimarus dessen einzige Freunde und ersetzten zusammen mit Sarutobi seine verstorbene Familie. Während seiner Kindheit war Orochimaru immer ein sehr ruhiger und nachdenklicher Mensch, der lieber schwieg und mit seinem großen Talent als Ninja auch nicht angab. Orochimaru übernahm in seinem Team die Rolle des talentierten Coolen und musste ab und zu etwas abwertend über Jiraiya schmunzeln, wenn dieser mal wieder irgendeinen Fehler machte. Jedoch blieb es meistens nur bei einem Schmunzeln und ging nicht über ins Spotten.
Orochimaru lächelt bei dem Gedanken seine Eltern wieder sehen zu können
Während seiner Kindheit saß Orochimaru oft auf der Trauerwiese Konohagakures und blickte auf den Grabstein seiner Eltern. Eines Abend, während Orochimaru wieder über seine verstorbenen Eltern nachdachte, fand er auf ihrem Grabstein die alte Haut einer weißen Schlange. Sarutobi, der Sensei Orochimarus, trat plötzlich von hinten heran, woraufhin der Junge seinen Lehrmeister gleich auf die Haut ansprechen musste.
Er fragt, was das sei, und Sarutobi antwortete, dass es eine Schlangenhaut ist und sie als Zeichen für Glück und Wiedergeburt steht, wonach Orochimaru fragt, wan seine Eltern wiedergeboren werden. Jedoch sagte der dritte. das nicht einmal er das weiß.
Dies, und viele andere Gespräche bestärkten Sarutobis Meinung davon, dass Orochimaru ein guter Mensch war und womöglich irgendwann das Zeug zu einem Hokage hätte. Anders als Sarutobi gab es auch Menschen wie Ibiki Morino die behaupteten, dass sie in Orochimaru immer schon etwas nicht menschliches, etwas absolut böses, sahen. Das Sarutobi sich in Orochimaru irrte würde er erst viele Jahre später merken.